Ein Nutzungskonflikt bzw. Landnutzungskonflikte liegt im Sinne der Raumordnung vor, wenn politische, wirtschaftliche, gesellschaftliche oder ökologische Interessen sich eigentumsrechtlich behindern oder behindern würden. So liegt bspw. die Anlage oder Schutz eines Naturschutzgebietes im Interesse der Ökologie, behindert aber gleichzeitig die Interessen der Land- und Forstwirtschaft wegen verschärften Auflagen bei der Bewirtschaftung. Maßnahmen für eine Verbesserung und Förderung des Tourismus können ebenso zu Nutzungskonflikten mit landwirtschaftlichen und ökologischen Interessen führen. Privatrechtliche Nutzungskonflikte an Grundstücken liegen vor, wenn natürliche oder juristische Personen Ansprüche an fremden Grundstücken haben, deren Anspruchsgrundlage nicht einwandfrei geklärt ist. Dies können Nutzungsrechte sein, die sich aufgrund unklarem Grenzverlauf, Duldung, Handschlag, Altrechten, Gewohnheiten oder unvordenklicher Verjährung entwickelt haben. Insb. betrifft dies Erschließungsanlagen oder privatrechtliche Grenzbegradigungen.

Nutzungskonflikte lassen sich durch Bodenordnungsmaßnahmen beseitigen. Wegen den Abfindungsanspruches eines jeden Teilnehmers gem. § 44 FlurbG ist die wertgleiche (keine lagegleiche) Abfindung gesichert. Im Zweifelsfall hat die Flurbereinigungsbehörde die unterschiedlichen Interessen abzuwägen und eine Entscheidung zu treffen.